Europos Komisija 2007 m. rugpjūčio 27 d. sprendime Nr. 2007/599/EB dėl 2007–2013 m. strateginių gairių priėmimo nustatė strategines 2007-2013 metų laikotarpio daugiametės programos Išorės sienų fondo intervencijos pagrindimo gaires. Specialioji tranzito schema yra sudėtinė šio fondo dalis.

Siekiant tikslingiau panaudoti gaunamą paramą, vidaus reikalų ministro 2007 m. lapkričio 21 d. įsakymu Nr. 1V-398 „Dėl Išorės sienų fondo daugiametės 2007-2013 m. programos dalies „Specialioji tranzito schema“ strateginių gairių patvirtinimo“ (toliau – strateginės gairės) buvo patvirtintos atskiros strateginės gairės supaprastinto tranzito sistemai įgyvendinti. Vadovaujantis šiomis gairėmis, kurios konkretizuoja EK sprendime Nr. 2007/599/EB nurodytus prioritetus ir jiems neprieštarauja, parengtos Specialiojo tranzito schemos daugiametė programa ir metinės programos (toliau – Programos) bei numatyti paramos gavėjai pagal strateginėse gairėse pateiktą prioritetų sąrašą ir Išorės sienų fondo daugiametės 2007-2013 m. programos ir metinių programų rengimo tvarką.